اقدام صهیونیستها در آتش زدن مسجدالاقصی با واکنش تند حضرت امام خمینی (ره) روبرو شد. امام خمینی که در نجف اقامت داشتند، اقدام جنایتکارانه صهیونیستها و تشکیل اجلاس رباط و سیاستهای رژیم شاه را مورد انتقاد شدید قرار دادند. روزنامه «الجمهوریه» چاپ بغداد در شماره 588 خود در1/8/1348 تحت عنوان «مرجع دینی حضرت آیت‌الله خمینی خواستند که مسجدالاقصی تجدید بنا نشود» چنین نوشت:

«حضرت آ‌یت‌الله خمینی،مرجع دینی، از کلیه مسلمانان خواستند که صفوف خود را در برابر دشمنان متحد سازند. حضرت آیت‌الله طی گفتگوئی با خبرگزاری عراق اظهار داشتند: کنفرانس اسلامی که در رباط منعقد گردید منشأ خدمتی به سود مسلمانان نشد،‌بلکه به دشمنان اسلام کمک کرد زیرا بعضی از شرکت ‌کنندگان در این کنفرانس نیت صادقانه نداشتند و به علاوه تناقضاتی میان شرکت‌کنندگان در این کنفرانس وجود داشت.

حضرت آیت‌الله افزودند: تا زمانی که فلسطین اشغال شده آزاد نشده است مسلمانان مسجدالاقصی را نباید تجدید بنا کنند. بگذارند جنایت صهیونیسم هماره در برابر چشمان مسلمانان مجسم باشد و مایة حرکتی برای آزادی فلسطین گردد.»

امام خمینی ضمن بحث راجع به «حکومت اسلامی» در بهمن 1348 نیز نظر خود را راجع به ‌آتش‌سوزی مسجدالاقصی و نقشه صهیونیستی و غارتگرانه‌ای که رژیم شاه در زیر پوشش جمع‌آوری اعانه برای تجدید بنای مسجدالاقصی دنبال می‌کرد، چنین بیان کرد:

«... مسجدالاقصی را آتش زدند، ما فریاد می‌کنیم که بگذارید مسجدالاقصی به همین حال نیم سوخته باقی باشد،‌این جرم را از بین نبرید ولی رژیم شاه حساب باز می‌کند و صندوق می‌‌گذارد و به اسم بنای مسجدالاقصی از مردم پول می‌گیرد تا شاه بتواند از این راه استفاده نماید و جیب خود را پر کند و ضمناً آثار جرم اسرائیل را از بین ببرد...»